《意见》阐明了实施创新驱动发展战略、加快创新型新疆建设的指导思想是：坚持把科技创新作为经济发展的内生动力，以提高科技创新能力和自我发展能力为核心，以促进科技与经济紧密结合为重点，进一步深化科技体制改革，着力解决制约科技创新的突出问题，充分发挥科技在转变经济发展方式和调整经济结构中的支撑引领作用，更加注重协同创新，加快建设具有新疆特色的区域创新体系，构筑符合新疆实际的现代产业体系，加速新型工业化、农牧业现代化、新型城镇化、信息化和基础设施现代化同步发展，为推动新疆经济社会科学跨越、后发赶超，建设繁荣富裕、和谐稳定的美好新疆奠定坚实基础。

        《意见》明确了实施创新驱动发展战略、加快创新型新疆建设的主要目标是：到2015年，新疆的自主创新能力显著增强，创新型新疆建设取得明显成效。在重点领域、关键技术和区域创新体系建设方面实现新的突破；科研基础设施和装备水平、科技创新和成果转化的水平大幅提升；科技投入、创新人才、发明专利大幅增长。全社会研究与试验发展经费支出占生产总值的比重达到1.8%，自治区财政科技投入占财政支出的比重达到1.8%，大中型工业企业研究与试验发展经费支出占主营业务收入的比重达到0.8%；每万人发明专利拥有量达到1.09件；科技支撑“五化”建设、引领“两个可持续”发展、增进民生福祉和保障公共安全的能力大幅提高。高技术产业产值占制造业产值的比重达到5%，战略性新兴产业产值占生产总值的比重达到8%，农业科技进步贡献率达到50%；新疆综合科技进步水平达到60%，接近全国平均水平。到2020年，区域创新体系建设取得重大进展，基本建成以企业为主体、市场为导向、产学研用结合的技术创新体系。科技投入持续增加，全社会研究与试验发展经费支出与生产总值的比重超过2%，自治区财政科技投入占财政支出的比重提高到2.5%以上，大中型工业企业研究与试验发展经费支出占主营业务收入的比重提高到1.5%。产业技术水平和竞争力显著提升，重点行业技术与装备达到国内先进水平。高新技术发展和产业化取得显著成绩，高技术产业产值占制造业产值的比重达到8%，战略性新兴产业产值占生产总值的比重提高到15%。科技进步成为推动经济增长和可持续发展的主要动力，科技为增进民生福祉和保障公共安全作出重要贡献。新疆综合科技进步水平达到全国平均水平，全民具备基本科学素质的比例达到全国平均水平，进入创新型省区行列，科技支撑新疆跨越式发展和长治久安的作用全面增强。